Creo en este enlace se habló de manera muy extenza del tema: se abarcó formularios, campos ocultos, enlaces y sesiones:
http://www.forosdelweb.com/f18/html-con-php-298050/
Lo que tú necesitas es recoger las variables de la URL, para ello ocupa
$_GET['variable']... obviamente primero asegurate de que estás ejecutando bien esa URL con JS y su window.open
