Usa:
mysql_insert_id()
http://www.php.net/manual/es/functio...-insert-id.php
(o equivalente en SQL "puro". Tienes comentarios en dicha documentación que explican el otro método "SQL").
inmediatamente despues de tu INSERT que supongo que los irás haciendo bajo el bucle que lees los "IDs" recibidos de tu selección múltiple.
Si tienes algúna "paranodia" (sana por otro lado) sobre si simultáneamente vas a tener vários INSERT's simultáneos en el mismo "thread" (proceso) .. usa "transacciones" de SQL (no indicas que BD usas ..pero hasta Mysql las soporta a su manera)..
Un saludo,