Hola!
Donde haces tus pruebas? (me refiero al navegador o algun IDE)
Yo desarrollo en PHP Expert Editor que tiene un 'Run(F9)' y cuando hago las operaciones de manipulacion de datos ('INSERT') mi base de datos reflejaba lo mismo que te pasa a ti (2 veces la operacion).
Me pareció raro, y lo que hice fue hacer las pruebas desde el navegador directamente. Aqui si funciona correctamente. Haber si te funciona!
Enjoy! xD
