PHP se ejecuta -antes- que tu javascript .. se ejecuta en el lado del servidor ..
Si tu quieres hacer lo que propones .. tendrás que tener una página HTML con ese javascript y algo más para confirmar y de ahí (si se confirma cerrar la sesión) lo mandas al actual "logout.php" que cierra la sesión definitivamente y redirecionará hacia tu index.php o donde sea automáticamente.
logout.php (sólo contiene esto):
Código PHP:
<?
session_Start();
etc ...
header ("Location: index.php");
?>
En definitiva .. tu link de "logout" tendrá que vía javscript llamar a tu log_out() (onClick="log_out()") .. pero donde se acepta .. (en el else de esa función javascritp? .. confirmalo en el foro de javascript) .. redirecciona vía javscript hacia logout.php (window.location="logout.php" .. o algo así).
Un saludo,