Hola!
Directamente como tu lo quieres hacer no se puede, debido a que PHP se ejecuta previamente en el servidor y luego javascript se ejecuta en el navegador: (entornos distintos)
Por la tanto puedes llenar tu array en javascript y pasarlo a un script.php por url (metodo GET) o un formulario (GET o POST)
Código PHP:
<script language="javascript">
function devuelvearray {
var tuarrary=new Array();
//...
return (tuarray.join(','));
}
</script>
Luego formas un link con este dato:
Código PHP:
<a href="script.php?elarray=<script>devuelvearray();</script>">Siguiente</a>
Dentro de SCRIPT.PHP, haces esto:
Código PHP:
<?php
$elarreglo=$_GET['elarray'];
$elarreglo=explode(',',$elarreglo);
echo $elarreglo[0]; //primer valor de tu array
echo $elarreglo[1]; //segundo valor de tu array
//etc...
Enjoy! xD 