Pues estas en lo correcto TMeister yo rento hosting y una cliente me dijo de un problema igual yla cheque al hacerlo me di cuenta que tenia candado en varias carpetas para que no pudieran bajar los archivos asi que le explique por que y como solucionarlo entonces ve a tu panel de control y desde hay en seguridar (depende de que cpanel tengas) ve en carpetas hay habilita las entradas a esas carpetas.
