Es muy obvio:
Código PHP:
mysql_query("insert into clave(clave,clave1,clave2) values ('$caja','$caja','$caja')",$link);
Lo mejor es:
Código PHP:
mysql_query("insert into clave(clave,clave1,clave2) values ('$caja1','$caja2','$caja3')",$link);
Con tres diferentes variables guarda mejor, caja1, caja2 y caja3, que puedes hacer desde los inputs, no crees?