Pues por lo que veo no es tu hardware, a menos de que estuvierá algo mal configurado pero si fuera eso te daría problemas con todos los .avi a alto bitrate, de hecho con ese hard podrías sencillamente reproducir vídeo
HDV.
Lo cual me hace entonces suponer que el problema es la versión del códec que estas usando, ¿los 2 vídeo que te fallan estan codicaficados con el mismo códec?, si es así entonces podría ser esta la causa, si no es así indicame con que códecs han sido codificados.
ok sigo pendiente para darte más tips y conocer la fuente del problema.
Saludos