A mi pe pasó exactamente lo mismo, el problema es que al generar la página y llamando con un include a cabecera.php, lo que se hace es insertar el código de cabecera en tu página, y si la cabecera tiene rutas relativas para el css y para las imagenes no te las pilla, porque las está llamando en un path que no es el correcto:
hay 2 posibles soluciones:
1) poner rutas absolutas,
2) crear una variable $dominio y llamarla cada vez para los links (o usando el $_SERVER['PHP_SELF'])
Un Saludo
