Existen varias formas de hacerlo, por ahí dicen que el convertidor que trae el propio Flash es el que deja de menor tamaño los archivos. Pero si lo deseas tener tus propias conclusiones tambien puedes probar estos otros:
Riva FLV Encoder -->
http://rivavx.com
Sorenson Squeeze 4 -->
http://www.sorensonmedia.com
Flix Pro -->
http://www.wildform.com/flix
Sorenson Squeeze es uno de los más potentes por la cantidad de opciones que dispone. El tercero hasta te convierte los videos a vectores. Riva es el único gratuito, pero para los otros dos, todos sabemos lo que hay que hacer. JE JE