El problema es que nero no sirve para codificar, en general lo hace rematadamente mal. Lo que tienes que hacer es hacer la conversión primero con otro programa (tmpgenc, canopus procoder, dvd#vcd...) y luego el nero sólo lo usas para grabar. Si necesitas manuales, lee por aqui:
www.mundodivx.com/mpeg/index.php
Saludos