Creo que lo de tempnam no iría muy bien, ya que no tiene sentido crear un archivo para sólo obtener un nombre único, el Upload ya crea archivos temporales y con tempnam estarías creando otro archivo. Y según lo que dice en el manual
Cita: Note que necesita eliminar el archivo en caso de que no lo necesite más, ya que ésto no se hace automáticamente
La sugerencia es esta, que cuanto tengas ya los archivos los muevas con move_uploaded_file y ahi uses la función uniqid, algo asi:
Código PHP:
$name = $_FILES['archivo']['name'];
move_uploaded_file($_FILES['archivo']['tmp_name'], "directorio/".uniqid('foo')."_".$name);
Espero te sirva.