Duda permisos en php

[kryska]

He desarrollado un sitio en el cual los usuarios pueden subir archivos que se guardarán en su carpeta personal.
Como es el usuario que corre los scripts (script o apache supongo) el que crea estas subcarpetas este usuario debe ser owner del la carpeta de la que cuelga todo el invento.
Al no tener cuenta de root en el hosting para cualquier cambio en los scripts tengo que subir un script que de permiso 0777 para poder modificar. Y después otro ke me lo deje con 0755.
¿Alguien me podría recomendar otra forma de asignar permisos a mi sitio para que sea seguro?