utiliza una capa en posición absoluta y pegada al margen superior que contenga la tabla y elementos que forman tu menú en el iframe superior; de esa manera, dicho menú se superpondrá a la publidad de esa página, pero la publicidad que aparece en el archivo exterior no se verá alterada, y así no te reclamarán por taparles la publi ^_~.
no olvides darle un color de fondo o una imagen de fondo a la capa para que tape todo lo que esté detrás de ella ;)
y, si es que no lo has hecho ya, darle al BODY el style "overflow: hidden".
Código HTML:
<div style="position: absolute; left: 0px; top: 0px; width: 100%; height: [el alto de tu iframe]">
<!-- Tu tabla menú -->
</div>