Una forma sería tener un campo donde tu grabas el contenido del checkbox.
Como sabes al enviar un formulario con un checkbox seleccionado, estas enviando ese checkbox con el valor 'ON'. O sea:
Código HTML:
<input type="checkbox" name="miCheck">
si el usuario lo selecciona el formulario enviará miCheck=ON.
Entonces, lo que puedes hacer es en el script que recibe el formulario decirle que si la variable tiene el valor ON que grabe algún en algún campo. Por ejemplo:
Código PHP:
if ( $_POST['miCheck']=="ON" )
{
valorCampo=$_POST['miCheck'];
mysql_query("update miTabla set campoX='$valorCampo'");
}
Luego al hacer tu query indicas en el clausula WHERE que te busque los registros cuyo campo campoX tengan el valor ON.
saludos...