Una diferencia en que los .inc.php pueden contener código a ser llamado por una php, como los datos de conexión a tu base de datos, por ejemplo.
Pero al ejecutar el archivo por la url total como:
http://www.misitio.com/mis_paginas/archivo.inc.php
El .inc.php no mostrará el contenido, no se ejecutará, no mostrará nada.
Saludos.