Ya vi como...:
Extraido de Dreamweaver:
Código PHP:
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<title>Untitled Document</title>
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
<!--
function MM_openBrWindow(theURL,winName,features) { //v2.0
window.open(theURL,winName,features);
}
//-->
</script>
</head>
<body>
<a onClick="MM_openBrWindow('http://www.pagina.net/archivo.exe','bajar','width=50,height=50')" href="#">Bajar archivo.exe</a>
</body>
</html>
Aquí se abre el pop-up y se cierra para abrir la confirmación de guardarlo.