Puedes crear una tabla donde ir guardando el numero d clicks de cada dirección.
En la página donde colocas los banner puedes colocar un código parecido a este, pasando la dirección url de tu anunciante como un parámetro llamando a otra página que sera la encargada de actualizar el número de clicks:
Código:
<a href=contarclicks.php?url=http:\\www.publicidad.com><img src="banner.gif"></a>
Y luego en contarclicks.php podrías tener algo así;
Código:
$direccion=$_GET["url"];
mysql_query("UPDATE tabla SET visitas=visitas+1 WHERE direccion='$direccion'");
Header("Location: $direccion");