Creo que el metodo photoshop es mas efectivo
Create unas nubes sencillas en photoshop, luego las importas a flash como menciona JJF, y en flash le asignas unas transparencias.
Si haces 2 nubes seria mas real, porque puedes hacer una especie de viento entre ellas colocando unos alfa y haciendo que una de ellas vaya a la derecha y otra a la izquierda...
Jejeje... saludos!!!