Los movieclips creados con actionscript siempre aparecerán por encima de cualquier cosa que se haya colocado "a mano" en en escenario, por lo cual, si deseas que "prueba" esté debajo de otro elemento, es necesario que este último también sea creado con actionscript, asignándole un nivel más alto, por ejemplo:
Código:
// Se crea el contenedor del swf externo
createEmptyMovieClip("prueba",0);
mc_2._x=50;
mc_2._y=150;
loadMovie("secundaria.swf",prueba);
// Se anexa un movieclip desde la libreria, con un nivel mayor:
attachMovie("segundo_clip","segundo_clip",1, {_x: 75, _y: 175})
Quizá no sea del todo práctico, pero al momento es la única forma que conozco
