Hola:
Lo más probable es que sea un problema con las rutas... veamos:
- El link al archivo
.css debe ser relativo a la página que lo llama, no a la página que crea los frames (debe estar en la página, no en la que crea los frames).
- Las rutas que aparescan en el archivo
.css deben ser relativas al mismo, no a las páginas que lo llaman.
- No olvides que los servidores usualmente son sensibles a mayúsculas/minúsculas.