puedes hacer un echo....
Código PHP:
<?php
echo "<script language=\"JavaScript\" src=\"tu_archivo.js\"></script>";
?>
o hacer una hoja aparte con la funcion del java script, guardarla como php y hacer el include, algo así:
js.php
Código:
<script>
funcion
</script>
y en donde quieras incluirlo solo pon: include ("js.php"); o ponlo directamente en la hoja que necesitas....