1.- Intenta agregando la propiedad
display: table a tu div contenedor.
2.- Interesante, no había visto eso antes...
3.- Crea una imagen que contenga los colores del div menu y el div contenido y lo pones como
"background: #CCCCCC url('imagenconcolores.gif') repeat-y" al div contenedor. Fíjate en
éste sitio utiliza
ésta imagen para simular el color de fondo de los menus de la derecha.
4.- Parece el pekaboo bug de IE, puedes ver info de ese bug en
ésta dirección, y talvez encuentres algo sobre ese misterioso punto si te revisas
los demás bugs