Hola alejoragg.
Por mi parte (y es mi opinion), este foro es de ayuda, tambien por mi parte te agradezco lo de la plata pero... este foro es de ayuda y por mi parte tambien no se cobra la ayuda así que tratare de hecharte una mano (sin tener tu codigo) 
 
 
Te muestro un ejemplo cambialo a tu gusto y espero que te sea de utilidad 
 Código PHP:
    <?php
function comprueba_extension($nombre_file){
$permitidos = array('jpg', 'png', 'gif');// aqui puedes meter la extension que desees permitir
$control=explode (".",$nombre_file);
if(in_array($control[1], $permitidos)){
return true;
}
else{
return false;
} 
 
}
 
define("DESTINATION", "./carpeta_destino/");//destino (carpeta donde se meteran los archivos)
 
 
define("UPLOAD_NO", 2);// aquí se define el numero de ficheros a subir
 
echo "<p align='center'><b><font size='4'>Cargador" ;
 
if($REQUEST_METHOD!="POST")
{
//formulario
    print "<form enctype=\"multipart/form-data\" method=post>\n";
    print "<INPUT TYPE=\"hidden\" name=\"MAX_FILE_SIZE\" value=\"3000000\">\n";
 
    for($i=1; $i<=UPLOAD_NO; $i++)
    {
        echo "<input type=file name=infile$i>    ";
        
        if($i%2==0)
        print"<br>";
    }
    echo "<br><br><input type=submit value=upload></form>\n";
}
else
{
 
    //UPLOAD
    $noinput = true;
    for($i=1; $noinput && ($i<=UPLOAD_NO); $i++)
    {
        if(${"infile".$i}!="none") $noinput=false;
    }
    if($noinput)
    {
        print "<big><B>Error en la subida de archivos. intentalo de nuevo.</B></big>";
        exit();
    }
echo("<p align='center'><b><font size='4'>Fichero Subido<br>");
 
echo("<table border='1' width='84%' height='52' bordercolorlight='#EBEBEB' bordercolordark='#EBEBEB'>
  <tr>
    <td width='14%' bgcolor='#EBEBEB' height='21'><font color='#000000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'><b>Nº</b></font></td>
    <td width='52%' bgcolor='#EBEBEB' height='21'><font color='#000000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'><b>Nombre</b></font></td>
    <td width='34%' bgcolor='#EBEBEB' height='21'><font color='#000000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'><b>Tamaño</b></font></td>
    </tr>");
  
    for($i=1; $i<=UPLOAD_NO; $i++)
    {
        $nombre_file=${"infile".$i."_name"};
        
        $just=filesize(${"infile".$i});
        $fp_size[i] = $just;
        $control=comprueba_extension($nombre_file);//llama a la funcion que comprueba la extension permitida
        
        if(${"infile".$i}!="none" && copy(${"infile".$i}, DESTINATION.$nombre_file) && unlink(${"infile".$i}) && $control==true){        
        echo"<tr>
            <td width='14%' height='19'><font color='#000000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'>$i</font></td>
            <td width='52%' height='19'><font color='#000000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'>${"infile".$i."_name"}</font></td>
            <td width='34%' height='19'><font color='#000000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'>$fp_size[i]</font></td>    
          </tr>
          ";            
        }
        else{
        echo"<tr>
            <td colspan='3'><font color='#FF0000' size='1' face='Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif'>Error en  ${"infile".$i."_name"} Compruebe que ha escrito bien el nombre del archivo o su path o que es un archivo valido</font></td>
              
          </tr>
          ";
        }
    }
    echo "</table>";
} 
?>    
  Si solo tienes una carpeta de descarga pasate por 
aqui ya que existe una funcion llamada move_uploaded_file que lo que hace es mover el archivo de la carpeta inicial a la carpeta donde lo necesites
Un cordial Saludo