Recargar php con un Cron

[hemiliano]

No entiendo mucho tu planteo.
Yo tengo el mismo desarrollo hecho. Una aplicación que envia mails y mi base de datos tiene 17.000 registros por lo cual tuve que paginas los envios y las consultas por que sino explotaba todo, pero para esto me cree un archivo intermedio donde envio el query y algunos datos y luego vuelvo a mi página de envios de mails.
Este ir y venir lo hago simplemente con un:
echo "<script>parent.location='pagina.php'</script>";
Funciona todo. En realidad se complica un poco por el funcionamiento de las consultas, pero lo que vos decis debería funcionar con esto simplemente.
De todas maneras reitero, no entiendo mucho tu planteo, sería bueno que expliques un poco más detenidamente el proceso de tu aplicación para poder analisar mejor el problema.