Gracias Nicolaspar.
Ya encontre el problema, no es que no cerrara la sesion si la cierra.
El problema es que pensé que el session_id() es diferente para cada sesion
y eso no es del todo cierto porque al abrir una sesion comprueba si hay una cookie con el session_id y si existe toma este valor por lo que aunque cerrara la sesion al abrir otra tomaba el mismo id.
La solucion la dio
Cluster (gracias otra vez Cluster) en un tema anterior:
Si quires borrar la cookie creada por PHP si usas session.use_cookies = 1 .. te vendría mejor usar:
setcookie( session_name() ,"",0,"/");
donde session_name() es el nombre de tu sesión actual 
Ahora todo funciona bien.
Gracias a todos y hasta la próxima.
