Si, puedes usar las librerías GD de PHP.
La idea sería, suben la img. Trabajas sobre ella con imagecopyresized(), guardas esta copia y la original, sin usar moveuploadfile(), se borrará automáticamente de la carpeta temporal donde PHP guarda los archivos a subir.
http://ar.php.net/manual/es/ref.image.php.
Saludos cuidate