Que tal,
Varias cosas, para saber en que modo está instalado tu php sólo debes crear un archivo que tenga la sentencia:
<? phpinfo(); ?>
Y ahí te sale la configuración.
En general la diferencia entre la instalación cgi y módulo apache es que en cgi php queda funcionanado como una aplicación "externa" no incorporada plenamente al servidor, lo que hace caer un poco el desempeño.
Ya que lo mencionas la instalación CGI es la típica y clásica instalción cuando no tienes Apache sino El Servidor de Microsft Windows el Internet Information Server.
Por cierto, la autenticación http, creo que sólo es posible cuando tienes todo configurado con Apache y No es posible con IIS.
Soluición, no sé si tengas un servidor o sólo tu máquina de desarrollador, pero ultimamanete he probado aplicaciones que instalan todo Automaticamente (Apache, Mysql, PHP, PHP MY Admin), y queda funcionanado todo muy bien.
Por ejemplo el Appserv y el Easy PHP, el appserv está dispònible en:
http://www.appservnetwork.com/
El Easy no recuerdo de donde bajarlo.
En todo caso Primero Haz un Back Up de todos tus desarrollos y bases de datos y luego instala esto. (No es que generalemnte fallen, pero mejor siempre andar prevenido.)
Saludos.