Un alert JavaScript será un alert JacvaScript... PHP trabaja del lado del servidor por lo tanto no hace nada de eso; FAQ:
http://www.forosdelweb.com/showthrea...309#post377309
Quizá lo que busques es inclrustar JS en PHP:
Código PHP:
$var="Hola Mundo!!!";
echo "<script>alert('$var')</script>";
... con PHP puedes hacer variar ese JS pero al final no deja de ser JS...
Un saludo!