No las desinstala.
Cuando dejas el el fon navigator administre las fuentes tienes las mismas que en la carpeta de windows/fonts incluso si dejas menos de 50 instalas por windows y en un directorio adicional y las ordenas alfabeticamente.
d:\Fonts\a
El programa usara las fuentes cuando no las tengas instaladas y obvio cuando no las necesitas las reemplaza.
http://www.batallasgraficas.com/foro/viewtopic.php?t=88