se puede desde con un fichero de texto tal y como dices pero es recomendable que le indiques un delimitador a los campos. Por ejemplo:
usuario1;
[email protected]
usuario2;
[email protected]
etc ....
Luego te creas un script con un form (un input file para cargar el fichero)
Te muestro unpequeño ejemplo para poder explicarte como funcionaría porque sino te resultará complicado llevarlo a la práctica. Uso un insert pero puedes hacer updates tambien modificándolo a tú gusto.
Código PHP:
$contenido = file("$fichero");
for($i=0; $i<sizeof($contenido); $i++) {
$linea = trim($contenido[$i]);
$arr = explode(";", $linea);
$sql = "insert into tu_tabla values ('". implode("','", $arr) ."')";
$consulta = mysql_db_query($bd, $sql);
}
Tienes otro opción mucho más sencilla si tienes posibilidad de usar el phpmyadmin el cual carga ficheros de este tipo de forma auto.
Espero que te sirva todo esto como ayuda para iniciarte en ello.