No es dificil ocuparlo friend, solo es cosa de que dés de alta los directorios que deseas que sean indexados, activar el servicio y tus archivos los puedes buscar como si fuera una query común y corriente.
Te dejo unos links..
http://aspnet.4guysfromrolla.com/articles/033005-1.aspx
http://idunno.org/dotNet/indexserver.aspx
Espero que te sirvan..
