Si estás usando una aplicación de un tercero .. sería bueno contactarte con el (como para hacerle mención de tu sugerencia para que te ayude).
De todas formas .. en líneas generales .. no sé como trabaja ese código concretamente pero "supongo" que generará cabeceras HTTP para componer el archivo a descargar (o debería) .. si es así .. dentro de las cabeceras HTTP se indica que "nombre" va a tomar tu archivo a la hora de descargarlo (en la ventana que se te muestra para que tu lo guardes en tu PC) .. eso es própio del protocolo HTTP y no es complicado "pegar" el cambiazo de lo que realmente lees (tu archivo en el servidor) a lo que "quieres" que se presente al descargarlo.
Puedes ver la documentación de header() en
www.php.net/header
Ahí veras un sencillo ejemplo para forzar un archivo a su descarga leido desde su ubicación física en el servidor (vía readfile() o equivalentes para entregarlo al buffer de salida de PHP previa composición de las cacbeceras HTTP adecuadas que van a informar a "cliente" (tu navegador, gestor de descargas... etc) que propiedades tiene el archivos que se está descargando: nombre, tamaño .. posibilidad de "resume" .. etc.
Concretament .. la cabecera HTTP:
Código PHP:
header('Content-Disposition: attachment; filename="nombre_archivo.loquesea"');
define el nombre del archivo .. así que por ahí puedes cambiarlo a como gustes tomando parte de tu nombre del archivo original y trabajandolo como un simple "string" (Cadena) que es lo que en el fondo es ese nombre de archivo en ese punto.
Si el código que usas .. trabaja de esta forma .. localiza la parte que se nombre esa cabecera HTTP y modifica el código a tu gusto. Si tienes problemas con la interpretación de ese código .. lo mejor es ponerse en contacto con el autor o derechamente plantearse la creación de tu própia aplicación para tal fin con este tipo de peculiaridades.
Un saludo,