Hola!
Te recomiendo que uitilices las funciones ftp para entrar al servidor y aplicar los permisos, porque no es muy confiable el comando chmod, o por lo menos a mi no me ha sido de utilidad.
Si quieres utilizarlo igual:
chmod('archivo', 0777);
Si me vas a prestar atención, busca un post en mi blog sobre php que trata sobre las funciones php:
http://cronicas.cshock.com