Si lo que deseas es almacenar documentos PDF en tu servidor y poder gestionarlos desde tu Base de datos lo mejor es que te crees una nueva tabla donde cada registro haga referencia a un documento pdf.
por ejemplo en una simple tabla con 2 campos :
( id_pdf ) que sería el índice incrementable de cada registro y
( Nombre_pdf ) que sería el nombre del archivo pdf
De esta manera podrias almancerar las referencias de todos los archivos pdf que desees y que puedes tener almacenados en un directorio de tu servidor. ( Ejemplo pdfs/ )
Después ya todo depende de tus propositos e imaginación
pero podras realizar una consulta y crear un hipervínculo con el valor del archivo sobre la ruta de tu directorio de archivos pdf. ej:
<a href = "pdfs/<? echo row["nombre_pdf"];?>"descargar pdf</a>
De esta manera además siempre tendrás tu ficheros pdf accesibles en tu servidor desde tu ftp