Hay una herramienta especifica de dreamweaver para eso que tu dices , es macromedia studio , se conecta por ftp a tu sistema y puede corregir todo loque deseas para un filemanager mira en
www.hotscripts.com hay uno muy bueno que es el de obie y te permite meter archivos zip en el server y deszipearlos , el ahorro de trabajo es inmenso , saludos