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[chiririo]

A ver si te he entendido, lo que no quieres es sumar las cantidades de dos productos que sean iguales, quieres tener uno y uno por separado, cada uno con su cantidad ¿no?

En el codigo que has puesto fijate que haces un foreach que recorre el array, y si encuentra el producto le suma la cantidad, lo primero que tienes que hacer es quitar ese foreach para que no te sume las cantidades.

Además estas accediendo a la posición $item, y claro, si quieres añadir el mismo producto pero con otra cantidad te va a sobreescibir la cantidad anterior.
No se si sabes bien como funcionan los arrays en php, como has dicho que eres nuevo en esto.

El caso es que si quieres añadir el mismo producto, como $item es igual, te sobreescribiria la cantidad anterior, asi que habria que cambiar la forma de almacenar el array.
Podrias hacer un array bidimensional, algo asi:

$itemsEnCesta [1] [$item] = $cantidad1;
$itemsEnCesta [2] [$item] = $cantidad2;

O algo asi:

$array[$item] = $cantidad1;

$itemsEnCesta [1] = $array;

Espero que te sirva de algo.