El fichero cuando lo subes, se guarda en el directorio temporal del servidor. Debes moverlo a donde tu quieras que se guarde con la siguiente funcion:
move_uploaded_file ($_FILES ['file']['tmp_name'], $destino);
http://es2.php.net/manual/es/functio...oaded-file.php
$destino es el path donde lo quieres guardas.