Vamos a ver no entiendo mucho lo q dices pero bueno...
para empezar eso de commit work me parece q...en mysql no existe
se usan estas 3...
Código PHP:
mysql_query("BEGIN");
mysql_query("COMMIT");
mysql_query("ROLLBACK");
luego...sobre lo de las relaciones...basandome en elejemplo de la tabla A, B y C...
segun tu tienes rellenadas las tablas A y B pero no C.
y C tiene PKa y PKb...pues entonces cuandohagas un insert es obligatorio q estos dos valores se hayen en A y B.
Por el error que diria q cuando haces el insert en C con los valores correspondientes..estos no se hayan en A y B.
Simplemente coje el analizador de consultas de mysql y comprueba si tus inserts funcionan...
Salu2.