como el foreach pasa sólo los activos en ese ciclo actualiza diciendo:
Código PHP:
//crea un arreglo sql de id
$ides="(";
foreach ($_POST['activa'] as $id)
$ides.=$id.",";
$ides=substr($ides,0,strlen($ides)-1).")";
//sql para activar los checkados
$sql="update tabla set activa='algo' where id in $ides ";
//sql para inactivar los no checkados
$sql="update tabla set activa='algo' where id not in $ides ";
la idea es que $ides sea una cadena mas menos asi (que representa un arreglo en sql):
$ides="(1,2,3,4)"