Código PHP:
<script>
if (confirm('¿Desea continuar?')) {
<? $sclaves = $_POST['sclaves'];
Simple: NO puedes condicionar PHP con JavaScript... hay que entender que PHP trabaja del lado del servidor.
Dos opciones:
1) Dependiendo del resultado de tu función JS
RECARGAR la página pasando una variable por URI, esa variable la lees con PHP... y condicionas.
2) Otro tipo de tecnología como Remoting Script ó AJAX... aquí en FDW hay un foro para AJAX; es tema aparte.