Todo eso que mencionas son temas del modelo de datos de una Base de datos, con sus "claves foráneas" (ese "ID" que corresponde y existe igual en todas las tablas que guarden relación).
El "ID" no se genera "automático" sino que tu en tus scripts PHP cuando generas un dato que ha de estar relacionado en "otras" tablas .. lo insertas. Así .. por ejemplo si generas (imaginemos) un "cliente" (en su tabla "cliente" y luego tienes por otro lado algún registro de otra tabla .. ejemplo "compras" .. ahí debes tener un campo más extra "ID" que será el mismo (mismo valor) que el de tu "id cliente" .. así estableces la "relación" para que luego puedas hacer consultas SQL filtradas por ese "ID" (de cliente) y por ejemplo (en este caso) obtener respuestas tipo "ver las "compras" de tal cliente".
Te recomiendo leer sobre Base de datos en alguno de los manuales de:
www.mysql-hispano.com
Un saludo,