Hola
marcosvidal, bienvenido :
no estoy seguro de entenderte, pero lo podemos intentar.
Si usas dos tablas, la segunda puede usar
display:inline para quedar al lado y no debajo.
La primera puede llevar una fila al comienzo de la misma altura que "1 cabecera", así mantienes la distancia relativa al inicio (arriba).
Si "tabla nueva" y "continuación de tabla existente" deben coincidir en cada fila, Quizá deba ser una sola tabla o usar un script para leer la más alta de las dos y asignarle el valor a la otra.
Te dejo dos enlaces para revisar. Son para IE y FF en modo compatible.
Inmovilizar Columnas y Filas scroll complicado
saludos
furoya