Te comento... los archivos MP3 se graban como datos, por tanto cualquier programa en teoría te grabará el CD igual. Las canciones se ordenan normalmente por orden alfabético, asi que si quieres ordenarlas a tu gusto simplemente ponles un número delante, por ejemplo:
001 - primeracancion.mp3
002 - segundacancion.mp3
.......
En cuanto a las pausas, supongo que depende de lo rápido que sea el reproductor en cerrar un mp3 y abrir el siguiente... Si es rápido no se nota el paso.