Hace un tiempo hice un script para generar thumbnails de imágenes.
http://www.fedeblog.com.ar/211-Thumbnails-usando-GD.htm
Podrías subir la imagen, usar el script para generar el thumb (pasando un segundo parámetro a imagejpeg la imagen se guarda en el disco) y borrar la imagen original usando unlink()
Suerte
Fede