Weno si quieres usar Mysql a nivel de entorno grafico y manipular tus tablas ( crear, modificar campos, eliminar , etc, etc ) te recomiendo usar el PHPMYADMIN solo tienes que configurar el user y password con el cual accesas a tu BD en MySQL.
Ahora .... para que escribas tus Scripts de PHP bueno te recomiendo el EDIT PLUS o el Macromedia Dreamweaver.
La idea es la siguiente:
Para manipular tus tablas y ver los registros, etc , etc usa el PHPMYADMIN
Para escribir tu código los editores que te mencioné.
( tienes que tener cuidado donde guardar tus archivos *.php ) eso lo determina el APACHE por defecto en algunos casos es el www dentro del directorio de instalación.
salu2