Puedes buscarlas en sitios como:
www.hotscripts.com
Por lo demás en el foro si buscas por "upload" veras muchossssssss códigos de ejemplo .. por lo menos para la parte de subir el archivo y organizarlo (para almacenar datos de a quien pertenece por ejemplo .. )
No sé si físicamente deben quedar tus archivos bajo directorios .. pero si vía Base de datos por ejemplo gestionas a quien pertenece que archivo .. todo podría quedar en un mismo directorio (idependiente del N° de usuarios que tu sistema gestione) ..
El tema de gestión de usuarios también lo tienes tratado en el foro con ejemplos (revisa las FAQ's) buscando por temas de sesiones.
Un saludo,