En linux tienes utilidades como "Sudo" (
http://www.courtesan.com/sudo/) para cambiarte de usuario por un momento (lo que dure la ejecución de tus otros comandos).
Dicho comando lo puedes ejecutar desde cualquier usuario (y por línea de comandos aceptando parámetros de usuario/password). Por ende .. usa ese comando bajo un exec() o system() o función afin .. a continuación usa los comandos que ya estás usando vía exec() o equivalentes y cuando termines, vuelve a ejecutar "sudo" para quedarte con el usuario que estabas.
Un saludo,