Como defino una variable global...

[raulggm]

Lo que no entiendo es por qué quieres almacenar ese valor en una variable javascript :

var codcuenta = <? echo $codcuenta; ?>;

si en el formulario ya estás cargando ese valor:

<input name="codcuenta" type="text" id="codcuenta" value="<? echo $lista; ?>" size="8" maxlength="8">

y para recuperar ese valor con javascript, usar el value del campo correspondiente del formulario:

opener.document.forma.codcuenta.value