Es que esa no es la forma de insertar javascript, el interprete de php no tiene idea como procesar javascript, y como el codigo javascript está dentro de php, no llega al navegador para ser procesado.
Prueba esto:
Código PHP:
<?php
if ($pin=$resultado)
{
echo " <script>\n
window.close()\n
NewWindow=window.open(modules/Galeriavip/cueros.html,PortadaS,width=375,height=200,left=0,t op=0,toolbar=Si,location=Si,scrollbars=Si,status=S i,resizable=Si,fullscreen=si);\n NewWindow.focus();\n
void(0);\n
</script>\n
";
}
else
{
echo "PIN NO VALIDO. Intentelo de nuevo.";
echo"<br><a href=\"javascript:history.back(1)\">Atras</a>";
}
?>